В 1925 г. в музее действовало 5 отделов: археологический, атеистический, курортный, производственный и этнографический.
Большая часть коллекции музея была разграблена в годы Великой Отечественной войны. В 1944 г. началось его восстановление.
В 1950 г. оформился краеведческий профиль музея с тремя отделами: дореволюционного прошлого, истории советского общества и природы. В 1968 г. музею были переданы здания караимских кенас (бывшие молитвенные храмы караимов) - памятник архитектуры XVIII в. В настоящее время здесь ведется реставрация. Сейчас в музее хранится 56,8 тыс. экспонатов. Среди них наиболее значительной является археологическая коллекция - более 37 тыс. предметов.

Адрес: г. Евпатория, ул. Дувановская, 11